Ciocolata contine cofeina si consumul de cantitati excesive poate provoca nervozitate, urinare frecventa, batai rapide ale inimii si dificultati de somn. Femeile însărcinate și cele care alăptează trebuie să-și modereze consumul de ciocolată, la fel ca persoanele cu tensiune arterială ridicată, glaucom sau tulburări digestive.
Ciocolata sau cacao poate provoca reacții alergice cutanate și tulburări gastrice, cum ar fi constipație, greață, dureri de stomac, gaze sau disconfort intestinal general. Cofeina conținută în cantități mari de ciocolată poate provoca, de asemenea, migrene și anxietate și încetinește procesul de coagulare a sângelui, ducând la sângerări și vânătăi la persoanele cu tulburări de sângerare. Persoanele cu afecțiuni cardiace ar trebui să monitorizeze consumul lor de cacao, deoarece pot provoca bătăi neregulate ale inimii. Sindromul intestinului iritabil, diareea și refluxul gastroesofagian sunt uneori agravate de cafeină.
În timpul sarcinii, cofeina din ciocolată poate contribui la livrarea prematură, rata natalității scăzută și avortul spontan. Alaptarea sugarilor care consumă cofeina prin laptele matern al mamei lor poate deveni iritabil și are mișcări prea frecvente ale intestinului. Persoanele cu osteoporoza, glaucomul și tensiunea arterială pot prezenta simptome neplăcute din cauza cofeinei în ciocolată și oricine urmează să fie supus unei intervenții chirurgicale ar trebui să înceteze consumul tuturor cacao cu două săptămâni înainte de operație, deoarece poate interfera cu controlul zahărului din sânge în timpul și după o intervenție chirurgicală.