Potențialele efecte negative ale biotehnologiei includ riscurile pentru oamenii care mănâncă alimente derivate din plante sau animale modificate genetic și riscul de a afecta plantele și ecosistemele native de plantele modificate genetic. Există, de asemenea, "finanțele suferă atunci când corporațiile monopolizează semințele modificate sau alte produse agricole.
Culturile modificate genetic sunt principalele produse ale biotehnologiei agricole. O altă preocupare este utilizarea hormonului la animale, cum ar fi hormonul de creștere recombinant bovin artificial, care cauzează infecții și alte probleme de sănătate la vacile. Studiile sunt inconclusive cu privire la faptul daca cancerul si alte posibile efecte negative asupra sanatatii la om sunt cauzate de consumul de produse alimentare de la animalele tratate cu hormoni artificiali.
Culturile modificate genetic pot contamina plantele naturale cu polen și gene modificate genetic, pot crea noi tulpini sau buruieni, pot distruge controlul natural al dăunătorilor și pot contamina solul cu toxine care pot dăuna lanțului alimentar. Aceste toxine pot dăuna lucrătorilor din agricultură, familiilor acestora și altora din comunitate în care culturile modificate genetic sunt cultivate.Limitarea culturilor agricultorilor la mai puține soiuri modificate genetic modifică, de asemenea, biodiversitatea, care este importantă în inundarea secetelor și a bolilor care afectează plantele. Dacă există mai puține soiuri sau specii într-un ecosistem, populația este mai vulnerabilă la un dăunător de monocultură care ar putea distruge o substanță esențială în alimentarea.
Unele țări în care se comercializează OMG-uri nu dispun de o supraveghere adecvată și de control al organismelor pentru protejarea oamenilor și a mediului.