Chipotle permite clienților să introducă comenzi online pentru preluare. Utilizatorii se conectează sau creează un cont și dau click pe butonul Comandă acum. Chipotle include, de asemenea, un formular de comandă prin fax și opțiunea de comandare online a grupurilor, iar pentru utilizatorii de telefoane mobile, aplicația Chipotle oferă opțiuni de comenzi.
Pagina de comenzi conține opțiunile de intrare, pe care utilizatorii personalizează prin alegerea cărnii, a tipului de orez, a fasolei și a toppingurilor. Mâncăruri și băuturi de asemenea apar pe pagină. Utilizatorii aleg să plătească în magazin sau online, cu un card de credit sau un card cadou. La magazin, clienții care au plasat comenzile online merg direct în registrul de preluare.