Dezavantajele consumului de alimente ecologice includ costuri mai mari și disponibilitate mai scăzută decât produsele convenționale. Agricultorii care produc produse ecologice nu folosesc anumite îngrășăminte și pesticide pentru a încuraja creșterea plantelor și prevenirea răspândirii buruienilor. Deși acest lucru produce beneficii pentru mediu, reduce și producția și are un impact asupra prețurilor de consum.
Agricultorii ecologici se confruntă cu riscuri mai mari de amenințări la plante decât agricultorii convenționali. Culturile lor dezvoltă o rezistență mai redusă la factorii naturali precum seceta și bolile. Rezistența redusă provoacă daune produse culturilor și producție redusă, ceea ce necesită majorări de prețuri. Agricultorii organici produc, de asemenea, recolte de calitate inferioară fără asistență din partea produselor agricole convenționale. Produsele organice necesită în mod obișnuit mai mult timp pentru a ajunge la rafturile magazinelor decât produsele convenționale. Procesul de recoltare, expediere și distribuție se prelungește pentru culturile ecologice. La rândul lor, aceste culturi apar mai în vârstă și mai puțin proaspete la atingerea consumatorilor.
Lipsa disponibilității previzibile scade și recursul la recoltele ecologice. Consumatorii găsesc adesea produse agricole tradiționale în magazine pe tot parcursul anului. Produsele ecologice, totuși, ajung în anumite sezoane. Agricultorii organici cultivă culturile ecologice pentru consum în formă brută și pentru producția altor produse alimentare. Producătorii de alimente utilizează etichete care indică respectarea cerințelor organice federale, după cum a subliniat Departamentul Agriculturii al Statelor Unite (USDA). Etichetele indică cantitatea de substanțe organice din produse. Articolele cu etichete ecologice de 100% provin din toate ingredientele organice. Toate articolele cu etichete "organic" trebuie să conțină cel puțin 95% ingrediente organice.
