Dezavantajele aditivilor alimentari sunt că pot provoca reacții alergice și alte probleme grave de sănătate. Aditivii alimentari sunt de obicei enumerați pe eticheta ingredientului unui produs, dar funcția lor este rar dezvăluită.
Un studiu turcesc din 2012 a arătat că reacțiile alergice la aditivii alimentari au proliferat în ultimii 20 de ani. Simptomele acestor alergii sunt iritarea pielii, disconfortul intestinal și problemele de respirație. Cu toate acestea, majoritatea acestor simptome sunt minore și nu sunt raportate. Cele mai frecvente aditivi care declanșează reacții alergice sunt sulfatul de glutamat mono-sodiu, coloranții alimentari și îndulcitorii artificiali.
Un studiu publicat în ediția din 1994 a revistei medicale Analele alergiei a indicat o legătură substanțială între ADHD și consumul de culori și conservanți artificiali. Unele substanțe chimice care sunt legate de hiperactivitate sunt benzoatul de sodiu, vopseaua roșie a alimentelor și coloranții galbeni diferiți.
Aspartamul, zaharina, nitriții și benzoatul sunt aditivi alimentari care au fost legați de cancer în studiile pe animale, deoarece ele creează compuși carcinogeni în timpul procesului de metabolizare, după cum susține Centrul pentru Științe în Interes Public. În mod contrar, Administrația pentru Alimente și Medicamente afirmă că, deoarece nu sa făcut nici o cercetare umană, nu există nicio justificare pentru eliminarea acestor produse chimice potențial dăunătoare din alimente.