Alexander Hamilton, un lider al Partidului Federalist, și Burr au avut o rivalitate personală unul cu altul, ducând Hamilton să lucreze din punctul de vedere al atenției pentru a se asigura că Burr nu a devenit următorul președinte.
Alegerile au impulsionat rivalitatea partizană la nivele noi, deschizând calea pentru jocurile electorale creative și obscure. Alegerea Casei Reprezentanților Jefferson ca noul președinte pe scrutinul 36. În discursul său inaugural, Jefferson a pledat pentru reconcilierea între partidele de feudă, declarând că "suntem toți republicani, suntem toți federaliști".
