Unul dintre factorii care afectează activitatea enzimelor este pH-ul. Dacă se înregistrează mici modificări ale pH-ului, enzima va denatura și activitatea catalitică va fi pierdută.
Un alt factor este temperatura. Reacțiile catalizate de enzimă vor avea o rată crescută pe măsură ce crește temperatura. Deoarece enzimele sunt proteine, ele vor deveni denaturate și vor deveni inactive la temperaturi mai ridicate.
Concentrația enzimei afectează și activitatea. Dacă concentrația enzimei este crescută în timp ce concentrația substratului este menținută constantă, viteza reacției se va dubla pe măsură ce concentrația enzimei se va dubla. Acest lucru se datorează faptului că concentrația molară a enzimei care se utilizează aproape întotdeauna va fi mai mică decât concentrația molară a substratului.