O epidemie de variolă a trecut prin Imperiul Inca, slăbind-o exact la timp pentru conchistadorul spaniol Francisco Pizarro și oamenii săi și aliații săi să-l cucerească. Există, de asemenea, dovezi puternice că imperiul se prăbușește deja , infrastructura sa este afectată de supraexpansiune și guvernul său prin lupte.
Incanul Emperor Huayna Capac a murit de variola împreună cu moștenitorul său la fel cum conchistadorii au intrat în contact cu imperiul. Deoarece avea alți doi fii, Atahualpa și Huascar, care aspirau la tron, moartea lui a declanșat un război civil. La scurt timp după ce Atahualpa la ucis pe fratele său decedat Huascar, Pizarro a executat Atahualpa, apoi și-a instalat propriul rege de păpuși, un adolescent pe nume Manco Inca.
Inca s-au ridicat impotriva lui Pizarro inca o data cand sotia lui Manca Inca a fost furat de fratele lui Pizarro. Ei au fost zdrobiți de spaniolii înarmați puternic, iar devastarea crescândă a variolei a împiedicat rezistența în continuare.