Datorită asocierii sale cu membrii Katipunan, Jose Rizal a fost implicat ca unul dintre fondatorii săi și a fost judecat pentru dezordine, revoltă și conspirație în fața unui tribunal militar. Rizal se afla deja în Marea Mediterană când a fost arestat pe drum și a fost adus înapoi la Manila pentru judecată. El a fost condamnat ca fiind vinovat de toate cele trei acuzații. El a fost condamnat la moarte și a fost exilat lui Dapitan în 1893.
Rizal a fost arestat de autoritățile spaniole pe mai multe motive, printre care fondarea unei societăți, publicarea de cărți și ziare care răspândesc idei rebele și sfidătoare pentru public, care posedă un pachet de cărți care încălcau ordinele spaniole, criticând religia răspândită de Spaniolii și răspândirea filibusterismului în Filipine.Chiar dacă Rizal a fost trimis la Dapitan ca prizonier, anii de ședere în provincie au servit drept una dintre cele mai fructuoase perioade din cariera sa de medic, agricultor, om de afaceri, inginer, profesor, om de știință și lingvist. El și-a folosit zilele rămase în Dapitan pentru a-și îmbunătăți aptitudinile literare și artistice. De asemenea, în Dapitan, Rizal sa întâlnit și sa căsătorit cu Josephine Bracken, fiica unui inginer pensionar din Hong Kong. Cei doi au avut un fiu, care a murit la scurt timp după naștere.
