Francesco Pizarro sa căsătorit cu Ines Huaylas Yupanqui și a avut un copil pe nume Francesca Pizarro Yupanqui. Data nașterii sale este nesigură, dar se crede că a fost între 1471 și 1476. Francesco Pizarro a murit în 1548 .
Francesco Pizarro a fost un copil nelegitim. Tatăl său era un soldat spaniol, iar mama lui era un servitor misionar. Sa ridicat pentru a deveni unul dintre cei mai mari conchistadori spanioli și a fost Marquis de la Conquista. În 9 aprilie 1548 a fost învins în lupta împotriva forțelor spaniole conduse de viceregele Pedro de la Gasca. A fost capturat și ucis.