Pythagoras a fost educat în Tire, Samos și Miletus, care este actuala Siria și Asia Mică, precum și Egiptul. Mai târziu și-a înființat propria școală de mister în Croton, care este sudul Italiei.
În calitate de tânăr pe insula Samos, educația timpurie a lui Pythagoras cuprindea în mare măsură învățarea de a interpreta poezia și de a recita poezii de la autori precum Homer. Se crede, de asemenea, că a fost educat de chaldei și înțelepți sirieni în timpul călătoriilor cu tatăl său în Tir.
Profesorii săi ca tineri sunt considerați filosofi Pherekydes, Thales și Anaximander, ultimii doi fiind profesori și studenți care trăiesc pe Milet.
În jurul anului 535 î.H., Pythagoras a studiat în Egipt la templul din Diospolis sau vechea Thebes, acum Luxor modern.