Clonarea creează controverse din mai multe motive, în general clasificate ca fiind preocuparea pentru siguranța umană și îngrijorarea față de tratamentul impropriu sau neetic al animalelor. Clonarea atrage rezistența unor persoane pentru modificarea proceselor biologice pentru a spori sau a crea anumite caracteristici, cum ar fi o culoare mai strălucitoare, o dimensiune mai mare sau o blană mai moale. Unii susțin că aceste schimbări sunt în conflict cu normele biologice și prezintă riscuri de boală și boli pentru oameni și alte animale expuse la organismele modificate genetic.
Clonarea atrage critici în contextul replicării animalelor și plantelor și face mai multe critici atunci când este aplicată oamenilor. In timp ce unii cercetatori si oamenii de stiinta lauda clonarea pentru eradicarea anumitor boli si facilitarea imunizarii, altii citeaza rezistenta la boli si dezvoltarea de noi alergii ca contrapuncte. Unii cercetători, de exemplu, consideră că consumul de lapte de animale clonate, fortificat cu substanțe nutritive și antibiotice, ar putea controla răspândirea bolilor în zonele sărace, dovedind eficiență și mai puțin costisitoare decât vaccinările tradiționale.
Alții, cum ar fi avocații pentru bunăstarea animalelor, avertizează aceste mișcări ca experimentale și nu se întemeiază pe studiile științifice de ani de zile, ceea ce ridică probleme de siguranță. Clonarea are critici în rândul unor biologi față de preocupările că selecția și înlocuirea genelor artificiale modifică în cele din urmă unele specii, punându-le în pericol pentru mutații, defecte și chiar extincția, deoarece variațiile genetice scad în timp.
