Cucerirea spaniolă a Imperiului Inca a adus rezultate catastrofale pe termen lung populației indigene din regiune. Populația indigenă din zonele care anterior făceau parte din Imperiul Inca a suferit o scădere estimată în mod tradițional la aproximativ 50%. Regimul colonial a adus exploatare, muncă forțată, pierderi culturale și relocări forțate.
Cele mai multe decese indigene au avut loc din cauza bolilor infecțioase europene pe care conchistadorii și coloniștii spanioli le-au adus fără să știe. Lipsind o imunitate dobândită la bolile europene, cum ar fi rujeola și variola, oamenii indigeni au suferit mai multe decese ca urmare a bolilor nou introduse decât din conflictele armate care au urmat sosirii conchistadorilor. Un studiu din 1981 a sugerat că, până în 1591, valurile colective de epidemii ar fi redus populația indigenă din regiunea Ande cu până la 93% începând din momentul primului contact cu europenii.