Preoții franciscani au fondat Misiunea San Juan Capistrano pentru a extinde influența spaniolă în zonă și pentru a converti popoarele indigene la creștinism. Când Mexicul a devenit independent, guvernatorul local a vândut misiunea unei familii private, dar după ce California a devenit stat, președintele Abraham Lincoln a reîntorcat misiunea în Biserica Catolică.
Părintele Fermin Lasuen a încercat mai întâi misiunea în 1775, dar după ce a auzit o revoltă indiană din San Diego, preoții au îngropat clopotele misiunii și au abandonat locul. Părintele Junipero Serra a recuperat clopotele și a înființat oficial misiunea pe 1 noiembrie 1776. Când indienii locali, Juaneno, au ajutat la construirea bisericii și a altor clădiri, preoții i-au prozelit în mod activ. Indienii care au devenit botezați au fost obligați să-și schimbe numele și obiceiurile sociale, să învețe limba spaniolă și doctrina catolică și să respecte regulile stricte impuse de preoți, inclusiv fără a lăsa misiunea fără permisiune. În 1806, misiunea a înflorit și a avut peste 1000 de locuitori. După această perioadă, misiunea a început să scadă.În 1812, un cutremur a distrus biserica de piatră a misiunii. În 1845, guvernatorul mexican a vândut misiunea socrului său, John Forster, și a fost folosit ca o fermă. California a devenit stat în 1850, iar în 1865, Lincoln a semnat un document care cedează proprietatea înapoi Bisericii Catolice. De-a lungul secolului al XX-lea a suferit o restaurare amplă. Un muzeu și o biserică se află pe site începând din 2015, iar mulți vizitatori vin să vadă migrația anuală a înghițiturilor Capistrano.
