Apa de toaletă conține cantități semnificative de bacterii. Unul dintre cele mai frecvente, C. difficile, provoacă cantități semnificative de diaree și vărsături și se topește la un picior deasupra scaunului toaletei atunci când oamenii capacul este deschis, conform Prevenției.
Toaleta nu trebuie să fie utilizată pentru ca bacteriile să fie prezente. Oamenii de știință de la Universitatea din Leeds au găsit bacterii pe partea superioară și laterală a toaletei și a pardoselii, chiar și atunci când nimeni nu sa spălat de-a lungul timpului. Nivelurile de bacterii sunt la cel mai înalt nivel imediat după spălare, dar picăturile contaminate apar pe suprafețele din apropiere chiar și după o oră după ultima culoare. Menținerea capacului închis este o modalitate foarte bună de a controla răspândirea acestei bacterii.