Moleculele biologice tind să fie relativ mari, deci înainte ca acestea să poată fi absorbite de intestine, trebuie să fie sparte în bucăți mai mici. Sistemul digestiv face acest lucru cu ajutorul enzimelor, proteine speciale care provoacă reacții chimice vizate să apară mult mai rapid. Motivul pentru care mulți oameni nu pot digera lactoza se datorează lipsei enzimei pentru ao face. Piesele moleculelor care pot fi absorbite sunt diferite pentru fiecare tip de moleculă.
Carbohidrații, cum ar fi amidonul, sunt alcătuite din unități de zahăr mai mici, cum ar fi glucoza și fructoza. Legătura care este ruptă prin hidroliză se numește legătura glicozidică. Unitățile de proteine sunt cunoscute sub numele de aminoacizi și sunt legate prin legături peptidice. Grasimile sunt de fapt fabricate din două tipuri diferite de unități și sunt împărțite în acizi grași și glicerol, un tip de alcool. Odată ce acestea sunt rupte, aceste molecule sunt transportate în fluxul sanguin către celule unde sunt transformate în continuare și folosite pentru energie.
