Deși diferitele teorii ale cauzei din 11 septembrie variază foarte mult și includ teza de conspirație a teoreticienilor că guvernul Statelor Unite era o slujbă internă, majoritatea oamenilor cred că aceasta a fost menită să protestă împotriva sprijinului acordat de Statele Unite Israel, precum și prezența militară a Orientului Mijlociu în general. Atacatorii au fost presupuși teroriști islamici din mai multe națiuni din Orientul Mijlociu finanțate de Osama bin Laden. Fiecare dintre cei 19 deținuți, care au preluat împreună controlul a patru avioane comerciale care intenționau să se sinucidă, au fost asociate direct cu grupul de terorism al al-Qaida al bin Ladenului.
Bin Laden a declarat un război sfânt împotriva Statelor Unite în 1998. La acel moment, el a cerut uciderea civililor americani într-o fatwa pe care a semnat-o. Mai mulți cercetători din Orientul Mijlociu cred că 911 a fost modalitatea lui bin Laden de a provoca SUA într-un război care ar incita pe musulmanii din întreaga lume să se unească în opoziție cu Occidentul.
Criticii guvernului federal susțin că eșecul de a contracara 9/11 a fost rezultatul faptului că guvernul american nu a împărtășit informații între diferitele sale agenții de informații, dintre care mai multe au avertizat în avans despre porțiuni din complotul din 11 septembrie. p>
Alții dau vina pe securitatea aeroporturilor laxă, arătând că teroriștii au reușit cu succes să transporte cuțite și cuțite în avioane la trei aeroporturi de pe Coasta de Est.