Eubacteria reproduce asexuabil prin fuziune binară. Fuziunea binară este o replicare completă a materialului genetic al bacteriei, care are ca rezultat o celulă părinte divizând în două celule identice de bacterii. Poate să apară rapid la o scindare la fiecare 20 de minute, reprezentând abilitatea replicativă uimitoare a eubacteriilor.
La începutul fuziunii binare, materialul genetic al unei celule eubacteriene este copiat astfel încât se formează două seturi de cromozomi. Aceste două copii ale cromozomilor se deplasează în regiuni nucleotidice separate, iar membrana plasmatică începe să crească între cele două copii. Odată ce aceste copii își dublează dimensiunea originală, membrana plasmatică se înțepenează împreună, separând celula originală de eubacterie în două celule fiice. Aceste două celule fiice sunt independente unul de celălalt, dar uneori pot rămâne conectate. Această legătură este ceea ce formează colonii la unele specii. Deoarece celulele produse prin fuziune binară sunt identice din punct de vedere genetic, ele sunt ușor distruse cu antibiotice. Pentru a contracara acest lucru, eubacteria se recombină prin conjugare, transducție și transformare.Bacteriile sunt un tip de eubacterie, iar unele posedă capacitatea de a intra într-o stadiu inactiv, numit "spori", în care se odihnesc până când trec amenințările. Sporii sunt rezistenți la căldură, uscăciune severă, radiații și substanțe chimice toxice.
