Eubacteria și arheebacteria au câteva diferențe biologice cheie, în primul rând în structura membranei și a peretelui celulelor lor. Eubacteria și arheebacteria au structuri celulare generale similare, dar compoziția și structura acestor componente celulare sunt remarcabil diferit. Archae, ca și eubacteria, nu au membrane interioare și folosesc flagelul pentru a manevra, dar au pereți celulari compuși din peptidoglican
Pe lângă structurile celulare diferite, eubacteria și arhaea au diferite flageluri. Flagellale găsite în arheobacterii derivă din soiul bacterial de tip IV pili, în timp ce flagelul eubacteriilor provine de la sistemul de secreție de tip III. Eggacteria flagelum este subțire și tulpină ca aspect, cu un centru gol și cuprinde subunități mici. Cei găsiți în arhaea, dimpotrivă, sunt mai scurți, mai largi și atașați direct la bază. Ambele organisme se reproduc asexuat prin procesul de fisiune binară, urmat de înmugurire și fragmentare. Eubacteria, totuși, continuă să formeze spori care pot rămâne inactivi de câțiva ani; această trăsătură nu este exprimată de arhie. Eubacteriile și arheabacteritele împărtășesc mai multe habitate suprapuse, cum ar fi izvoarele fierbinți, în crusta suprafeței pământului și în corpurile de plante, animale și oameni. Ambele sunt adaptate la viață în condiții dure, dar eubacteriile preferă climatul umed, în timp ce arheabacteritele se bucură de locații calde și uscate.
