Efectele ploii acide sunt cele mai proeminente în mediile acvatice cum ar fi lacurile, râurile, râurile și marșurile. Cu toate acestea, precipitarea acidă este din ce în ce mai dăunătoare pentru ecosistemele forestiere prin scurgerea nutrienților din sol și slăbirea apărării naturale a copacilor.
Aciditatea cronică și episodică duce la o creștere a acidității corpurilor de apă și reduce cantitatea de nutrienți disponibilă într-un mediu acvatic. Multe specii de plante și pești sunt sensibile la modificările pH-ului în mediu și, prin urmare, nu pot supraviețui în apă acidă. Dacă se adaptează, reducerea nutrienților slăbește peștele și alte plante și animale. Ploaia acide provoacă, de asemenea, corpurile de apă să absoarbă aluminiu, ceea ce face ca apa să fie toxică pentru speciile care trăiesc în ea. Acest efect dăunător asupra vieții piscicole și a plantelor străbate lanțul alimentar pentru păsări și alte animale.
Ploaia acide este foarte dăunătoare ecosistemelor forestiere. Mai ales la altitudini mai mari, precipitarea acidă poate deteriora copacii și poate slăbi apărările naturale pentru boli și bug-uri. Declinul copacilor de molid în America de Est este creditat cu ploi acide. De asemenea, depozitele de precipitații acide leagă substanțele nutritive cheie din sol, cum ar fi calciu și magneziu, și pot elibera aluminiul în sol, ceea ce face dificil copacii să asorteze apa de care au nevoie pentru a supraviețui. Ploaia acide conduce, de asemenea, la o cantitate excesiv de azot într-un ecosistem forestier, care nu este imediat dăunătoare, dar în cele din urmă duce la o creștere exagerată a algelor din lacurile și fluxurile din apropiere.
