Fotosinteza este responsabilă pentru obținerea unor alimente de dinoflagelat, iar cealaltă jumătate obține nutriție prin fagotrofie și osmotrofie. Fotosinteza este un proces care transformă energia luminii în energie chimică pentru ca organismul să folosească combustibil când este necesar.
Fagotrofia este un tip de digestie intracelulară, iar osmotrofia implică osmoză care determină absorbția compușilor organici după dizolvarea lor. Dinoflagatele sunt foarte frecvente în ecosistemele acvatice, aproximativ jumătate sunt heterotrofice, iar cealaltă jumătate sunt fotosintetice. Datorită diversității acestui tip de protest, ele sunt comune în zooplanctonul și în fitoplanctonul ecosistemelor marine și marine. Sunt, de asemenea, în medii de gheață și medii bentonice.
