Ganglionii bazali joacă un rol într-o serie de funcții ale creierului, inclusiv controlul involuntar al motorului și anumite funcții cognitive. Funcția exactă a ganglionilor bazali este ceva care este încă studiat și observat , deși sa stabilit că zona joacă un rol în boală, inclusiv boala Parkinson și boala Huntington. Ambele boli afectează zonele de control ale creierului.
Împreună cu ajutorul oferit de ganglionii bazali mișcărilor corpului, acesta joacă un rol și într-o serie de procese cognitive. Zona are un număr de căi care nu se leagă numai prin ganglionii bazali, ci și prin cortexul de asociere prefrontal și cortexul limbic. Studiile arată că aceste bucle și conexiuni joacă un rol în alegerea sau permițând o serie de funcții cognitive, emoționale și executive în creier.
Această arie a creierului, situată la baza creierului din preajma talamusului, joacă, de asemenea, un rol important în funcția de memorie în creierul uman. Persoanele cu tulburări din această parte a creierului au probleme cu sarcini de memorizare și de probabilitate. Datorită faptului că ganglionii bazali sunt conectați la cortexul cerebral, la thalamus și brainstem, zona este considerată a juca un rol în numeroasele funcții ale corpului, dintre care multe sunt încă învățate.