Cu independență în 1959, au avut loc alegeri pentru a alege un lider; cu toate acestea, niciun partid nu a câștigat majoritatea. Comisia Națională a Populației din Nigeria (NPC), combinată cu Consiliul Național al Nigeriei și Camerun (NCNC), pentru a forma un guvern potrivit pentru cetățenii săi. Ei au ales pe Abubakar Tafawa Balewa de la NPC ca prim-ministru și Azikiwe al NCNC ca guvernator general. Când Nigeria a fost făcută republică în 1963, Azikiwe a fost făcută președintă.
Primii câțiva ani ai independenței Nigeriei au înregistrat mari tulburări și conflicte între regiunile nigerian. În 1962, regiunea vestică a avut o parte din Grupul de acțiune, un alt partid politic, despărțit de S. I Akintola pentru formarea Partidului Național Democrat Nigerian (NNDP). În 1963, regiunea mijlociu-vest a Edo a fost formată dintr-o parte din regiunea vestică. Alegerile din 1964 au fost contestate în mod fierbinte, iar coaliția NPC-PNNDP (numită Alianța Națională) a fost victorioasă. Legăturile conduse de ofițerii de armament Hausa din 1966 au fost responsabile de moartea lui Ironsi. Mai târziu în acel an, mulți Igbo care trăiau în nord au fost masacrați.
