Hidrolazele acide nu descompun polimerii decât dacă se află într-un mediu acid. Interiorul unui lizozom are un pH de aproximativ 5,0, potrivit Centrului National de Informare Biotehnologica. Hidrolazele acide nu sunt active în interiorul citoplasmei, deoarece au un pH neutru de aproximativ 7,2.
Enzimele digestive găsite în lizozomii încep ca proteine. Aceste proteine sunt produse de reticulul endoplasmic înainte de a fi trimise la aparatul Golgi într-o veziculă. Aparatul Golgi transformă proteinele în enzime digestive și alungă o veziculă mai mică numită lizozom.
Când nutrienții intră în celulă, lizozomii eliberează enzime digestive pentru a descompune substanțele nutritive. Dacă celula nu primește suficientă hrană, lizozomii vor digera alte organele, astfel încât celula să nu moară de foame. Lizozomii elimină organele uzate din celulă prin procesul de autofagie. În primul rând, organele uzate sunt închise de o membrană, formând o veziculă. Apoi, lizozomul se conectează cu vezicula și își digeră conținutul.