Mulți oameni văd cel mai mare eșec al lui Thomas Jefferson de a renunța la lupta împotriva sclaviei. În timp ce el vedea sclavia ca pe o "pată hidoasă" asupra omenirii și a făcut mai multe încercări de abolire, , hotărând să lupte doar cu acele bătălii pe care le-ar putea câștiga.
Într-adevăr, ca autor principal al Declarației de Independență, Jefferson a inclus o clauză care denunță sclavia, dar a fost aruncată înainte ca documentul să poată fi aprobat. Deși acest lucru este încă adesea controversat, președinția lui Jefferson a fost afectată în continuare de afirmația că el a fost tatăl a cinci copii de către sclavul Sally Hemings. În cele din urmă, instituția Jefferson a Actului privind embargoul, menită să întrerupă ostilitățile dintre Marea Britanie și Franța, a stricat economia de sud, înstrăindu-i pe suporterii pe care îi părăsise.
