Istoricii nu sunt siguri de părinții lui Juan Ponce de Leon, dar cred că a fost legat de Rodrigo Ponce de Leon, marchizul din Cadiz. Chiar și anul exact al nașterii lui este disputat ca el a fost inițial gândit a fi născut în 1460, în timp ce alte dovezi sugerează că el sa născut în 1474.
Ponce de Leon este considerat, de asemenea, legat de familia Nunez de Guzman. În primii săi ani, a lucrat ca un paznic pentru Pedro Nunez de Guzman, comandantul Cavalerilor Ordinului de la Calatrava. Potrivit istoricului spaniol Gonzalo Fernandez de Oviedo y Valdes, Ponce de Leon a devenit un soldat experimentat în primii săi ani când a ajutat la înfrângerea maurii din Granada.
