Eubacteria este un regat imens și divers de microbi prokaryotic care include chlamydia, E. coli și cianobacterii. Organismele eubacteriene sunt folosite pentru producerea brânzei și a vinului. Acestea pot provoca infecții grave la oameni și uneori, ca și în cazul florei intestinale umane, se schimbă repede de la o persoană utilă la una dăunătoare.
Eubacteriile sunt toate procariote. Acest lucru înseamnă că membrii acestei regate, care este la fel de mare și diversă ca și regnurile vegetale și animale, nu au un nucleu celular și nu generează energie fără relațiile simbiotice care definesc eucariotele.
Cianobacteriile, un tip de eubacterie, se numără printre cele mai vechi forme de viață care au apărut în înregistrarea fosilelor. Stromatoforii coloniali construiau movile mari, numite stromatolite, pe Pământ 3 1/2 miliarde de ani în urmă. Aceste alge albastre-verzi, după cum se numește deseori, au fost primii producători majori de oxigen de pe Pământ și rămân în centrul menținerii echilibrului atmosferei Pământului. Unele cianobacterii fixează azotul direct din aer, îmbogățind solul și permițând plantelor să prospere.
Eubacteriile nocive există ca paraziți. Chlamydia și spirochetele responsabile pentru sifilis sunt două exemple de eubacterie distrugătoare. E. coli este, fără îndoială, un alt bacil dăunător. Această specie trăiește în mod normal în intestin, unde ajută la digestie, dar poate deveni periculoasă în anumite cazuri. Vancomyicina rezistentă la E. coli este o infecție frecventă găsită în secțiile de spital.