Unită de limbă și de o cultură distinctă, indienii Iroquois la început au inclus doar cinci triburi: Cayugas, Mohawks, Oneidas, Onondagas și Senecas. Cercetătorii nu sunt siguri când aceste triburi și-au unit forțele, dar mulți cred că acest pact a fost stabilit până la mijlocul secolului al XVI-lea.
Când Tuscaroras au aderat la confederație în 1722, triburile au devenit cunoscute colectiv ca Haudenosaunee, care se traduce ca "oameni ai casei". Imaginea casei a fost folosită pentru a simboliza unitatea politică și culturală a poporului Haudenosaunee.
În timpul secolului al XVII-lea, indienii Iroquois au fost implicați într-o serie de conflicte armate cu francezii, uneori denumiți războaie de beaver. Aceste conflicte au avut originea în comerțul cu blănuri și au avut ca rezultat câștiguri teritoriale mari pentru Haudenosaunee.
Prima scuipare între cele șase națiuni a avut loc în timpul Revoluției Americane, când tribul Oneidas și-a unit forțele cu forțele rebele și națiunile rămase s-au luptat de partea britanică.
