Efectele secundare frecvente ale tratamentelor pe cordul inimii includ diaree, vărsături și lipsa coordonării musculare. Efectele secundare ale tratamentelor de vierme cardiace includ scăderea părului la locul de aplicare, diareea, vărsăturile, tremurul, gâtlejul și salivarea. Efectul secundar al tratamentului împotriva inimii cardiace include convulsii, șoc, umflare, iritație cutanată sau mâncărime, diaree și vărsături. Rareori, cainii sunt afectați de efectele secundare ale tratamentului cardiac.
Pe langa faptul ca au aparut efecte secundare de la tratamentul inimii, unii caini pot prezenta, de asemenea, reactii alergice la ingredientele din medicamentele pentru inima. Un câine care se confruntă cu o reacție alergică poate prezenta simptome cum ar fi convulsii, șoc, urticarie, mâncărime și umflături, în special în zona feței. Câinii care au o infestare gravă a inimii pot fi mai sensibili la reacțiile adverse la tratament.
Unele rase de caini sunt deosebit de sensibile la ingredientele active din cele mai multe tratamente de inima, ivermectin si milbemycin. Multe coli, whippets, ciobanesti australieni si ciobani au o mutatie genetica care le face incapabili sa isi elibereze medicamentele de inima din creier. Această anomalie poate crește șansele ca acești câini să sufere de convulsii sau chiar să moară ca rezultat al tratamentului cu inimă.
Heartworm este o boală gravă care este considerată endemică în multe zone. Majoritatea medicilor veterinari consideră că beneficiile tratamentului preventiv împotriva bolii cardiace depășesc riscurile de efecte secundare.