Dezavantajele microscopului de lumină includ o rezoluție limitată, o mărire mai mică și o vedere mai slabă a suprafeței specimenului. Microscopul cu lumină compusă necesită utilizatorului să se adapteze la inversarea optică, ceea ce înseamnă că specimenul va părea că este deplasat în direcția opusă în care este mutat.
Lumina vizibilă limitează rezoluția obținută cu un microscop luminos. Mărirea poate varia de la 500x la 1500x, ceea ce este mult mai mic în comparație cu microscoapele electronice; acestea dau marimi de 160.000x sau mai mult. În general, microscoapele de lumină necesită să fie subțiri, mici și transparente pentru o vizualizare optimă. Dezvoltarea microscopului electronic în anii 1930 le-a oferit oamenilor de știință o mai mare libertate în vizualizarea detaliilor minute ale structurii celulare.
