Principalul motiv pentru care oamenii de stiinta si studentii pateaza celulele din ceapa este sa faca mai usoara diferentierea diferitelor structuri si organele. In practica, majoritatea celulelor sunt tratate cu pete sau coloranti pentru a le conferi contrast mai mare si să îmbunătățească capacitatea cercetătorului de a vizualiza caracteristicile cheie. Mai multe pete și coloranți diferiți sunt în uz comun, incluzând eozina, iodul și safranina.
Ceapa și celulele sale constitutive sunt, în esență, incolore. Dacă sunt văzute în mod microscopic fără vopsele sau pete, este greu să vizualizați părțile celulelor. Cu toate acestea, atunci când sunt colorate, multe structuri diferite ale celulei devin vizibile. Diferite tipuri de pete sunt folosite pentru a ajuta la definirea diferitelor părți ale celulei. De exemplu, cerneala cu pix cu bilă este potrivită pentru colorarea nucleului celulelor de ceapă. Tetroxidul de telmis este o pată neagră folosită pentru a ajuta la creșterea contrastului lipidelor. Violul de cristal este o pată folosită împreună cu o substanță chimică numită mordant pentru a pata pereții celulelor celulelor de plante.
Multe pete și vopsele sunt dăunătoare, deci trebuie folosite numai pe celulele ne-vii. O excepție este roșu de toluen, care poate fi folosit pe celulele vii. Bismark maro este o altă pată care poate fi folosită pe celulele vii.
