Funcția sistemului imunitar este de a apăra organismul împotriva organismelor infecțioase și a altor intruși. Aceasta se întâmplă în principal prin acțiunea celulelor albe din sânge. Fagocitele distrug celulele și organismele non-native, în timp ce limfocitele învață din infecții și permit corpului să lupte mai ușor cu infecțiile repetate. Imunizarea folosește limfocite pentru a spori apărarea organismului împotriva bolilor prin instruirea celulelor pentru a viza celulele infecțioase slabite sau moarte.
Multe dintre simptomele bolii pe care suferinzii le asociază cu un anumit virus sau cu o infecție bacteriană sunt, de fapt, propriul sistem imunitar al organismului, încercând să scape sistemul intrusului. De exemplu, atunci când organismul detectează rinovirusul obișnuit, el declanșează membranele pentru a produce un exces de mucus pentru a preveni alte intruși și a elimina cei deja aflați în organism. Creșterea temperaturii corpului ajută la deteriorarea microorganismelor invadatoare, iar un răspuns crescut al tusei ajută la curățarea plămânilor. Chiar și simptomele diareei sunt un răspuns imun, o încercare de a elimina potențialii contaminanți din sistemul digestiv.
Sistemul imunitar al organismului poate fi, de asemenea, un obstacol, în unele cazuri. Unele boli și alergii sunt cauzate de un sistem imunitar hiperactiv, care vizează celulele proprii ale corpului sau intruși relativ inofensivi în loc de potențiali agenți patogeni. Poliartrita reumatoidă, de exemplu, este cauzată de sistemul imunitar care vizează articulațiile și provoacă leziuni.