Principala diferență între zooplancton și fitoplancton este faptul că fitoplanctonul are capacitatea de a-și fabrica hrana proprie prin fotosinteză sau chemosinteză. Zooplanctonii nu sunt capabili să-și facă alimente proprii. Zooplanctonii sunt planctoni de animale, în timp ce fitoplanctonii sunt planctoane capabile să efectueze fotosinteza.
Planctonii sunt denumiți în general "floaters", organisme care se deplasează în medii acvatice. Acestea sunt în general împărțite în două grupuri: zooplancton și fitoplancton. Ambele grupuri sunt identificate prin nișa lor ecologică la baza lanțului alimentar. Majoritatea planctonelor (fitoplanctonul și zooplanctonul) sunt organisme cu o singură celulă. Fitoplanctonii sunt producătorii de nivel inferior ai oceanului, în timp ce zooplanctonii sunt consumatorii de nivel inferior ai oceanului. Fitoplanctonii joacă, de asemenea, un rol important pe uscat. Acestea produc mai mult de 50% din aprovizionarea cu oxigen a Pământului.
Fitoplanctonii se găsesc în regiuni care au tipul de energie necesar fotosintezei sau chemosintezei. Aceasta le constrânge în zona photicului, regiunea oceanului în care lumina poate pătrunde și deschiderile submarine. Zooplanctonurile nu se limitează la o sursă externă de energie externă. Spre deosebire de fitoplanctonii, care se limitează la o adâncime de aproximativ 800 de picioare, zooplanctonii nu au limite de adâncime, dar trebuie să fie în jurul unei surse de hrană.
