Există mai multe diferențe între ecosistemele naturale și cele artificiale, inclusiv durabilitatea, diversitatea și scopul. Un ecosistem natural are o diversitate de specii și plante, în timp ce ecosistemele artificiale sunt limitate. Ecosistemele naturale sunt auto-susținute și rezultă din reacția naturală spontană, în timp ce ecosistemele artificiale necesită asistența oamenilor.
Un ecosistem natural este rezultatul interacțiunilor dintre organisme și mediul înconjurător. De exemplu, un ocean este clasificat ca un ecosistem marin, format din alge, consumatori și descompuși. Un ciclu are loc în acest tip de ecosistem care începe cu algele care transformă energia prin fotosinteză. După ce consumatorii consumă alge, energia este transferată între organisme. Odată ce consumatorii mor în acest sistem, descompunerea le transformă în materie organică. Acest proces are loc în mod natural într-o perioadă de timp, în timp ce într-un ecosistem artificial, intervenția umană este necesară.
Un ecosistem artificial nu este auto-susținut, iar ecosistemul va pieri fără ajutor uman. De exemplu, o fermă este un ecosistem artificial care constă din plante și specii în afara habitatului lor natural. Fără om, acest ecosistem nu se poate susține. Plantele și animalele au nevoie de ajutorul oamenilor pentru a mânca și a supraviețui. Scopul ecosistemelor artificiale este recreere, educație sau profit. Scopul ecosistemelor naturale este pur și simplu circumstanțe naturale.
O altă diferență majoră între un ecosistem natural și ecosistemele artificiale este diversitatea. Ecosistemele naturale conțin mai mulți factori și organisme naturale. Relațiile dintre organisme, reciproc și mediul în acest ecosistem sunt mai complexe decât cele ale ecosistemelor artificiale.