Sistemul encomiendă era o structură de guvernare feudalistă în care localnicii din America de Sud și din America Centrală erau atașați de terenuri conduse de un encomiendero. Nativii urmau să ofere o muncă și un tribut, în timp ce encomiendero trebuia să protejeze ei și educați-i în fațetele creștinismului. În realitate, localnicii au fost abuzați și înrobiți.
Când conchistadorii au prezentat coroana spaniolă cu un teren nou cucerit, ei au prezentat și un dezastru: cum să guverneze un teritoriu vast nou, fără a înființa un guvern rival. Regele spaniol a decis să creeze vasturi de terenuri care să fie prezentate conchistadorilor, recompensându-le, creând în același timp o structură de guvernare descentralizată responsabilă în primul rând regelui. Din păcate, conchistadorii nu erau proprietari de pământ benefic, ci soldați brutale care îngrijeau puțin locuitorii indigeni.Abuzurile au apărut rapid. Nativii au fost forțați să lucreze în câmpurile sau minele encomienderos, indiferent de orice abilități anterioare sau poziții sociale. Cei care au fugit au fost vânate, uciși sau torturați. Dacă culturile nu au reușit, nativii ar fi trebuit să dea un omagiu sau să se confrunte cu o pedeapsă flagrantă, care ar putea duce la moarte. Condițiile miniere au fost oribile. Supraveghetorii spanioli nu-i păsau câți localnici au murit obținând aur și mercur, atât timp cât au obținut-o. Chiar și preoții care erau înzestrați cu encomiendas au căzut pradă corupției, trăind adesea cu femei native și angajându-se în același fel de tortură ca și conchistadorii. După mai multe decenii, regele spaniol a adoptat noile legi, ceea ce a dus la sistemul de repartimiento aproape abuziv, ceea ce a făcut ca encomiendele anterioare să fie supuse în mod direct coroanei.
