Digestia proteinelor începe, la fel ca toată digestia, cu procesul mecanic de a mesteca alimente și se termină cu absorbția aminoacizilor constituenți ai proteinelor de către celulele corpului. Despre .com descrie procesul în lungime, de la digestia mecanică la cea chimică, și chiar enumeră enzimele specifice implicate în digestia chimică a proteinelor în diferite etape de-a lungul drumului.
Primul pas în digerarea proteinelor este realizat de dinți, care mășcă și taie materialul alimentar prin digestie mecanică. Digestia chimică a proteinelor începe în creuzetul acid al stomacului, unde acidul clorhidric este secretat împreună cu o protează numită pepsinogen. Expus la acidul puternic, pepsinogenul se degradează în enzima pepsină, despre care About.com descrie ca începând procesul de descompunere a proteinei în aminoacizi.
Dictionary.com descrie următorul pas în proces ca și când materialul alimentar intră în duoden. Pancreasul secretă substanțe chimice care includ o enzimă proteolitică numită tripsină. Trypsina sparge proteinele în continuare în peptonă, care poate fi apoi trecută în intestinul subțire.
O dată în intestinul subțire, contracțiile musculare ritmice, cunoscute sub numele de peristaltism, continuă amestecarea mecanică a materialului alimentar. Vena portalului hepatic transportă apoi sânge bogat în nutrienți în ficat, pe care WebMD îl descrie ca și sânge de curățare și purificare. Materialul lăsat după extragerea nutrienților este apoi trecut în intestinul gros pentru excreție.