Unele șopârle se hibernează, în funcție de specii, de climatul habitatului lor natural și de vreme. Hibernarea în șopârle este o adaptare care le permite să supraviețuiască temperaturilor scăzute în ciuda faptului că sunt ectoterme, sânge, creaturi.
Multe specii de șopârlă care trăiesc în climă temperată hibernează să supraviețuiască frigului, deoarece fără căldură ambientală suficientă, procesele lor metabolice încetinesc. Fără hibernare, această încetinire poate fi fatală. În timpul hibernării, metabolismul lor se modifică pentru a economisi drastic energie, astfel încât metabolismul încetinit de la temperaturi scăzute este mai puțin periculos. Este un proces gradual care este condus de mai multe săptămâni succesive de temperaturi mai scăzute, pe măsură ce corpul șopârlei se transformă în modul de hibernare. Șarpele sunt foarte predispuse la hipotermie și țesutul lor corporal poate muri dacă nu este suficient pregătit.
Unele specii de șopârlă care hibernează includ anii verzi, șopârle cu coarne și șopârlele. Speciile tropicale nu pot hiberna, deoarece nu au evoluat adaptările la condițiile reci.
