Toate bacteriile patogene, prin definiție, trăiesc în interiorul corpului uman, pentru că aceasta este metoda prin care provoacă boala. Un agent patogen este orice care provoacă boală în gazda sa; fără boală, boala nu este posibilă, deoarece boala este un model de activitate dăunătoare în cadrul gazdei.
Cantități mari de bacterii trăiesc în corpul uman. Cele mai multe sunt inofensive, unele sunt benefice, iar altele sunt patogene. Toate cele trei grupuri trăiesc adesea în aceleași locații ale corpului. De exemplu, tractul gastrointestinal uman este deosebit de bogat în bacterii, inclusiv specii care sunt de obicei considerate patogene, cum ar fi E. coli.
Nu toate tulpinile de E. coli provoacă intoxicații alimentare, și, de fapt, cele mai multe sunt inofensive. Numai atunci când organismul devine din echilibru din cauza unei afecțiuni cronice, cum ar fi malnutriția, bacteriile patogene sunt capabile să obțină un punct de sprijin și să depășească bacteriile inofensive sau benefice în aceste zone ale corpului. În alte cazuri, bacteriile patogene invadează deliberat părți ale corpului care sunt în mod normal fără bacterii, ca și în cazul meningitei bacteriene.
Bacteriile, în general, sunt un grup extrem de rezistent și cuprinzător de organisme. Ei trăiesc în aproape orice mediu conceput și sunt omniprezenți în sistemele de apă și în sol pe tot pământul. Bacteriile patogene nu sunt întotdeauna în mod clar separate de alte grupuri bacteriene nepatogene, cu excepția modului lor de a provoca boală și de a le face rău gazdei. Bacteriile patogene transporta genele de virulență, dar uneori agenții patogeni și non-patogeni sunt strâns legați, se comportă în același mod și trăiesc în aceleași medii. De exemplu, bacteriile care cauzează holeră diferă doar de tulpinile inofensive, transportând câteva gene care permit bacteriilor să producă o toxină periculoasă.
