Amidonurile naturale, cum ar fi cartofii, sunt combinații de două fracțiuni: amiloză și amilopectină. Amiloza este fracția specială a cărei reacție cu iodul produce o nuanță indigo indicatoare. Spre deosebire de moleculele de amilopectină în formă de ramură, structura de amiloză conține legături acetale care leagă lanțurile de polimeri lungi de unități de glucoză, conferindu-le moleculelor mai mult o formă de bobină liniară.
Amiloza forțează complexele liniare de triiodid în canalul central al moleculelor în formă de bobină. Transferul ulterior al sarcinii dintre iod și amidon modifică modul în care sunt închise electronii și, la rândul lor, distanța între nivelurile de energie. Noul spațiu de nivel al energiei este suficient pentru a absorbi selectiv lumina vizibilă, producând o nuanță albăstrui.
Trebuie să existe ioni de iod și ioduri pentru ca această reacție să aibă loc. O combinație a celor două generează un anion, care are mai mulți electroni încărcați negativ decât protonii încărcați pozitiv. Complexul de ioni de iod și iodură este de asemenea solubil în apă și această solubilitate este necesară pentru formarea complecșilor de ioni triiodici linici care se leagă în moleculele de amiloză.Complexele de iod și iodură de ioni se leagă de molecule de amilopectină, dar forma ramificată a moleculelor de amilopectină limitează gradul de legare. Această legare limitată se înregistrează, de obicei, cu ochiul liber ca o soluție violet sau rugină.
