Diferența esențială este că amidonul este transformat de plante în timp ce glicogenul este transformat de animale. Cu toate acestea, amidonul și glicogenul sunt polimeri de polizaharidă de alfa glucoză.Stratul de amidon poate fi sub formă de amiloză, cu sute de inele de glucoză legate prin legături a-1,4 sau amilopectină care ar putea conține mii de inele de glucoză legate împreună cu o combinație de a-1,4 și a -1,6 linii.
Glicogenul este mijlocul prin care animalele stochează glucoza pentru utilizare ulterioară. Are legături a-1,4 și a-1,6, cum ar fi amilopectina, permițând multe ramuri moleculare și, prin urmare, o suprafață mai mare pentru o conversie mai rapidă prin hidroliză înapoi în glucoză.
