Metodele și instrumentele variază în funcție de tipul de analiză efectuat și de materialul vegetal eșantionat. Cercetătorii măsoară volumul de clorofilă a pentru a determina biomasa de fitoplancton într-o zonă a oceanului sau a algelor într-un lac cu apă dulce. Ecologiștii urmăresc sănătatea plantelor agricole sau a pădurilor în prezența poluării. Instructorii oferă studenților experiență de laborator și demonstrează principiile fotosintezei. Fiecare experiment necesită amestecuri de solvenți adaptate structurii testate a plantei și formării chimice.
Una dintre provocările cu care se confruntă cercetătorii este defalcarea clorofilei a în clorofilidă, un pigment care duplică semnătura luminoasă a clorofilei și crește nivelul său aparent. Metode cum ar fi fierberea amestecului de acetonă timp de cinci până la 10 secunde și răcirea superioară a amestecului împiedică deplasarea rezultatelor.