Barajele blochează migrația peștilor și mențin sedimentele în urma spălării în aval. Când sunt instalate inițial, barajele provoacă de obicei inundații pe partea barajului în care curge apa. Barajele creează corpuri mari de apă stagnantă, care au câteva pericole, cum ar fi încurajarea creșterii țânțarilor.
Barajele, în special cele mari, au potențialul de a provoca o mulțime de probleme pentru zona înconjurătoare, în special zona din spatele barajului, unde apa curge spre blocaj. Există dezavantaje atât pentru natură, cât și pentru orice persoană care locuiește în zonă.
Există multe efecte negative asupra naturii. Deoarece barajele blochează corpurile curgătoare de apă, cum ar fi râurile, toate animalele care depind de fluxul de reproducere sau ca parte a ciclului lor de viață sunt puse în pericol. Pestii migratori care se imperecheaza intr-o locatie diferita de cea pe care o traiesc restul vietii lor, de exemplu, nu pot sa se imperecheze si pot sa scada populatia. Acumularea de apă este, de asemenea, periculoasă pentru viața plantelor care crește pe țărmul natural al apei. Viața plantelor este scufundată și moare. În plus, sedimentul benefic care este spălat în mod normal pe râu este blocat, ceea ce scade fertilitatea solului în jos de la baraj.
Mulți oameni sunt mutați din cauza barajelor. Oamenii care locuiesc într-o zonă care urmează să fie inundați din cauza unui baraj nou trebuie să se mute și să-și piardă casele la apa în creștere.