Rotenonul se află în clasa de inhibitori ai transportului de electroni, care se leagă la un moment dat de lanțul de transport, menținând electronii în mișcare. Acest lucru oprește respirația celulară de a avea loc prin această cale particulară. Calele de NADH și succinat pot atât să se blocheze în acest fel.
Rotenonul este considerat un inhibitor competitiv al electronilor, ceea ce înseamnă că acesta permite o cantitate mică de oxigen, deoarece un flux mic de electroni îl poate face să treacă. Chiar și cu oxigenul, totuși, inhibitorii competitivi împiedică celula să mențină un gradient chemiosmotic adecvat. Acest lucru înseamnă că chiar adăugarea ADP în sistem nu stimulează respirația înapoi la niveluri sănătoase.
Din cauza toxicității sale ridicate la om și la faunei sălbatice, rotenone este restricționat de la vânzarea și utilizarea generală. Este încă folosit ca insecticid, dar numai de entități scutite de restricție. Alte pesticide din familia de inhibitori ai transportului de electroni includ antimicină, cianură și malonat. Ca și rotenone, malonatul este, de asemenea, un inhibitor competitiv, deși funcționează mai mult pentru a împiedica mai degrabă funcționarea enzimelor decât procesul de transport al electronilor. Dintre cei patru, cianura este cea mai toxică și cerințele de siguranță impun ca spațiile de depozitare să o țină într-o zonă blocată, deoarece o capsulă mică poate conține o doză fatală pentru o persoană.
