Multe activități umane provoacă poluarea, distrugerea habitatelor și schimbările climatice, toate fiind distrugătoare pentru ecosisteme. Potrivit Fondului mondial pentru sălbăticie, utilizarea pesticidelor și îngrășămintelor în ferme a crescut de 26 de ori în ultimii 50 de ani, care a provocat daune crescute fluxurilor, râurilor, lacurilor și oceanelor lumii. Îngrășămintele sunt toxice pentru multe tipuri de viață acvatică și modifică chimia apelor locale.
Un alt mod în care oamenii pot dăuna ecosistemelor este prin introducerea unor specii indigene. Federația Națională a Naturii sălbatice sugerează că speciile invazive se răspândesc prin comerțul cu animale de companie, pe bărci și împreună cu plantele ornamentale importate. Aceste specii invazive pot înlocui speciile indigene, modificând echilibrul ecosistemului. Speciile invazive au o serie de forme, de la pești mari, cum ar fi crapul asiatic, până la virușii microscopici, cum ar fi virusul West Nile.
Abordarea necorespunzătoare a deșeurilor solide poate provoca o serie de probleme pentru ecosistemele acvatice. Fondul Mondială a Wildlife explică faptul că se pot forma acumulări mari de plastic în ocean, care pot elibera substanțe chimice nocive în apă, pot afecta recifele de corali sau pot dăuna animalelor care o inghesc în mod inadecvat.
Poluarea aerului dăunează și ecosistemelor naturale. Potrivit Fondului mondial pentru sălbăticie, ploaia acidă, cauzată de eliberarea dioxidului de sulf în aer, este, de asemenea, dăunătoare habitatelor naturale ale lumii.
