Dezavantajele majore ale vânătorii de balene includ dispariția unor specii de balene, nivelele nesigure de mercur pe care le poate conține carnea de balenă și potențialele daune aduse ecosistemelor care pot determina eliminarea balenelor. În plus, balena vizionarea este o afacere profitabilă în multe părți ale lumii, iar vânătoarea de balene ar putea avea un impact asupra acestei activități, potrivit Nature Publishing Group.
O problemă majoră cu centrele de vânătoare de balene privind impactul asupra populațiilor de balene. De exemplu, balenele gri au dispărut în Atlantic timp de sute de ani. Se crede, de asemenea, că există 4% din populația totală a balenelor albastre care au trăit înainte de exploatare.
Mai puține balene pot avea, de asemenea, un impact asupra ecosistemului. Când o balenă moare, corpul său se scufundă în fundul oceanului. Pe podeaua oceanului, corpul unui balen oferă hrană multor creaturi diferite care, în mod normal, nu au acces la o astfel de alimentare abundentă.
În timp ce mulți susținători ai vânătorii de balene susțin că practica creează locuri de muncă și pune bani în economie, ea are și potențialul de a deteriora economia unei țări. Se estimează că turismul marin asociat cu supravegherea balenelor ar putea genera anual 413 milioane de dolari. În plus, carnea de balene, care reprezintă o sursă de venit prin vânătoarea de balene, poate conține niveluri periculoase de mercur și poate duce la intoxicații cu mercur.