Potrivit Societății Americane de Microbiologie, antisepticele funcționează prin schimbarea pH-ului mediului de bacterii, făcând astfel mediul înconjurător. Deoarece microorganismele se adaptează la mediul lor, antisepticele trebuie să lucreze rapid pentru a ucide bacteriile înainte de a avea șansa de a se adapta.
Corpul este capabil să lupte natural cu cele mai multe tipuri de bacterii. De fapt, este vorba despre expunerea la bacterii, care ajută corpul să-și construiască o rezistență. Studiile indică faptul că utilizarea antibioticelor, antisepticelor și a altor produse pentru uciderea germenilor la copii contribuie puternic la dezvoltarea alergiilor ulterior în viață.
Potrivit Centrului de Control și Prevenire a Bolilor, una dintre cele mai mari preocupări în domeniul medical este un grup de microorganisme care dezvoltă o rezistență la antiseptice și la antibiotice. Datorită vitezei rapide a timpilor de mutație și de proliferare, există îngrijorarea că o colonie foarte mică de bacterii care este rezistentă la antiseptice și antibiotice are potențialul de a deveni rapid o colonie mare. Este posibil ca astfel de bacterii să ducă la apariția unei noi forme de agent patogen care să aibă o rezistență naturală la medicina modernă. Acest lucru funcționează mult în același mod în care o persoană ia doar jumătate din antibioticele sale, dând naștere la ceea ce oamenii de știință și doctorii numesc super-bacterii, care au devenit rezistente la antibiotice.