Comandantul armatei Confederate a fost generalul Robert E. Lee. Lee a fost inițial comandat de armata Uniunii de către președintele Lincoln, dar a respins oferta pentru că nu dorea să lupte împotriva colegilor săi din Virginia.
Generalul Robert E. Lee a fost ofițer militar pe toată durata vieții. A urmat Academia Militară a Statelor Unite la West Point și a absolvit a doua oară în clasa sa. După ce a refuzat oferta președintelui Lincoln de a conduce Armata Uniunii, Lee sa alăturat Armatei Confederate nou formate când Virginia sa detașat din Statele Unite. El a încercat să invadeze nordul de mai multe ori, dar în cele din urmă nu a reușit. În 1865, Lee sa predat la generalul Ulysses S. Grant la Tribunalul Appomattox pentru a pune capăt Războiului Civil.
