Este utilizat un microscop stereo pentru a observa probele cu intensitate mică și pentru a studia suprafețele specimenelor solide. Este, de asemenea, utilizat pentru a efectua lucrări care necesită o observare mai atentă, cum ar fi disecția, microchirurgia și ceasornicarea. Potrivit companiei de microscop din New York, alte utilizări-cheie ale microscoapelor stereo sunt fabricarea circuitelor, procesele suprafețelor de rupere și ingineria criminalistică. Astfel, domeniile cheie de utilizare sunt secțiunile de producție, inspecție și controlul calității.
Spre deosebire de alte tipuri de microscoape, un microscop stereo funcționează pe baza reflectării luminii de pe suprafața eșantionului sub ochi și nu pe baza luminii transmise printr-un obiect. Are două lentile obiectiv și două oculare, oferind două unghiuri de vedere. Adică ochii din dreapta și din stânga sunt utilizați pentru a vedea probele studiate. Deși folosirea a două ochi face viziunea mai mare, imaginea văzută sub microscopul stereo este similară cu cea vizualizată sub alte microscoape, cum ar fi microscopul compus. Deoarece folosește lumină reflectată în locul luminii transmise prin eșantionul studiat, un microscop stereo este ideal pentru a studia mostre opace sau mostre prea groase pentru ca lumina să treacă prin ele. Pentru specimene mici, instrumentul necesită o iluminare mai mare, similar cu alte tipuri de microscoape.
