Alimentele care nu sunt digerate corect în stomac sunt eventual împinse prin restul tractului gastrointestinal și părăsesc corpul prin rect ca scaun. Corpul tratează alimentele nedigerate ca orice altă substanță pe care stomacul nu o descompune.
Incapacitatea organismului de a extrage complet substanțele nutritive din alimente este cunoscută sub numele de malabsorbție. Acest lucru poate apărea din cauza lipsei sau întreruperii enzimelor digestive. Simptomele malabsorbției includ diaree, scădere în greutate și scaune incomode și mari și ofensatoare. Medicii testează posibila malabsorbție examinând scaunele pentru grăsimi. În unele cazuri, este necesară o biopsie a intestinului subțire.