Un scaner ionic este, de asemenea, cunoscut ca un dispozitiv de spectrometrie de mobilitate a ionilor și este folosit din motive de securitate pentru a scana particulele și pentru a determina substanța lor de origine. Este folosit pentru a detecta substanțele ilicite și este eficient în combaterea comerțului cu droguri și a altor amenințări.
Scanerele cu ioni necesită programare pentru a detecta anumite substanțe chimice, precum și pentru întreținerea periodică pentru a-și păstra precizia. Acestea sunt mai ieftine decât alternativele care sunt menite să îndeplinească o funcție similară și sunt mai ușor de utilizat. Experții de la Departamentul de Justiție al Statelor Unite estimează că durează doar câteva ore pentru a instrui un angajat să folosească un scaner de ioni.
Alte substanțe periculoase, cum ar fi explozivi, substanțe chimice periculoase sau arme chimice pot fi, de asemenea, detectate de scanerele de ioni, oferind dispozitivelor aplicații largi pentru medii militare și de cercetare. Dispozitivul de spectrometrie de mobilitate ionică este util pentru detectarea și diferențierea diferitelor substanțe gazoase, oferindu-i un loc în știința analitică. Dispozitivele IMS sunt de asemenea utilizate în setările medicale ca fiind unul dintre instrumentele pentru detectarea problemelor pulmonare la un pacient, de la respingerea după un transplant la sarcoidoză și chiar la cancer pulmonar. Această metodă de detectare se numește analiză a gazelor de respirație.